U vrijeme pada Dubrovačke Republike franjevačka ljekarna nalazila se još uvijek u Malom klaustru. Austrijski zakoni, konkretno priručnik „Instruktionen für Apotheker in Dalmatien, Dubrovnik und Kotor“ (Upute za ljekarnike u Dalmaciji, Dubrovniku i Kotoru), koji je 26. prosinca 1816. objavljen u Zadru, prisiljavali su franjevce da svoj ljekarnički posao prilagode novonastalim prilikama.
Između ostalog, taj dokument određivao je da ljekarna mora biti dostupna svakom čovjeku, i da javne ljekarne moraju biti „na prometnoj ulici“. Franjevci su i bez toga bili svjesni da njihova ljekarna ne može još dugo ostati u gornjem dijelu samostana, i da ju moraju približiti ljudima, bez obzira na to što su 1828. od cara Franje I. isposlovali dozvolu za rad ljekarne „kao i u prošlosti“.
Šansu da s ljekarnom dođu do mjesta dostupna ljudima vidjeli su u činjenici da je austrijska vojska kao skladište koristila crkvu sv. Spasa na Stradunu (Placa), u neposrednoj blizini samostana. Tadašnji provincijal dubrovačke Franjevačke provincije sv. Frana Beninj Albertini (1789.-1838.), smatrao je da je bolje da u toj crkvi bude ljekarna, nego vojno skladište, pa je pokušao s vojnom upravom sklopiti ugovor u tom smislu. Kao argument pokušao je koristiti franjevački otok Daksu i tamošnji samostan, koje je vojska bila uzurpirala. Provincijal je tražio od vojske crkvu sv. Spasa, u koju bi preselili ljekarnu, a za uzvrat Provincija bi se odrekla najamnine koju je vojska u to doba plaćala za Daksu.
Nakon pregovora, koji su trajali dvije godine, 30. studenog 1832. sklopljen je takav ugovor koji je bio potpisan od predstavnika vojne uprave i Albertinijeva nasljednika provincijala Ambroza Markovića (1775. – 1834.). Ne zna se pravi razlog zašto, ali nikada nije došlo do provedbe ovog ugovora, tako da je ljekarna ostala u Malom klaustru sve do 1901.